E-3提供了手动和自动对焦组合而来的多种对焦模式，其中包括连续自动对焦（AF C）和可自动对焦的全时手动对焦模式(MF AF)，为不同的应用场合提供了灵活的选择。
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| E-3的对焦模式 |
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| E-3的自动对焦区域模式 |
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| E-3的对焦点选择 |
E-3具有11个双十字型自动对焦点，这种自动对焦点对画面的水平和垂直对比度变化都敏感，可以实现快速对焦。E-3的自动对焦区域模式有三种：单点对焦、组对焦和广域对焦。后面两种模式适合进行泛焦拍摄和动体追踪。
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| 对焦点编号 |
为了测试各个对焦点的自动对焦精度，我们使用了下图示意的对焦测试卡。将图案打印在一张A4白纸上，用相机从与纸面45度角的方向对图案中央十字符对焦，然后查看所拍摄照片的对焦精度即可直接读出对焦偏差(单位mm)。
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| 对焦精度测试卡，点击小图可下载原始文件 |
对焦精度测试中我们使用E-3搭配ZUIKO DIGITAL 50mm 1:2
镜头进行，相机安装在
三脚架上，使用定时自拍以保证相机稳定，关闭防抖功能，对焦敏感度设置为普通。测试结果显示E-3的总体对焦精度一般，10次拍摄中往往有一两次较明显的偏差，从各个对焦点精度偏差的标准差来看，4号和2号对焦点的对焦精度较低。
测试对焦速度时，我们使用E-3搭配ZUIKO DIGITAL 14-54mm 1:2.8-3.5镜头，使用它的长焦端对约1m远的液晶屏显示黑白图像进行测试。对焦前我们将镜头的聚焦环旋至聚焦于无穷远的状态，然后记录正确按下快门到正确合焦的时间。以下是各个对焦点的对焦速度测试结果：
总体来看E-3的对焦响应速度是相当快的，连续自动对焦响应也比较平滑，平常室内和阴天户外使用时很少出现“拉锯”的现象。
